Cầu thủ cũng được chăm lo về thể chất. Không chỉ chăm sóc bữa ăn và nghỉ ngơi – vì nhiều cầu thủ của City còn có HLV thể lực riêng và đầu bếp riêng, mà còn làm mọi thứ để bạn vẫn đá được nếu gặp các chấn thương vặt. “Cậu mệt à”, Guardiola hỏi một cầu thủ trong bộ phim tài liệu về City chiếu trên Amazon. “Tiên sư cậu”.
Nếu kết quả chụp chiếu cho thấy có những vấn đề nghiêm trọng và khả năng chấn thương sẽ tệ đi nếu ra sân, Guardiola sẽ không mạo hiểm. Nhưng trong nhiều trường hợp, ông sẽ làm việc với đội ngũ y tế của CLB – những người phải làm việc theo đòi hỏi của Guardiola, (ông có rất nhiều mâu thuẫn với bộ phận này tại Bayern), và nếu có thể, cầu thủ đang dính chấn thương vẫn sẽ được khuyến khích ra sân.
Perarnau trích lại cuộc nói chuyện của Guardiola với Jerome Boateng sau khi hậu vệ này lỡ một buổi tập của Bayern vào tháng 11/2015. “Jerome, tôi có hai điều muốn hỏi cậu hôm nay: Đầu tiên tôi cần đảm bảo từ cậu rằng chúng ta có thể cầm bóng từ hàng thủ và thứ hai, tôi muốn cậu thi đấu dù biết cậu đang rất đau. Tôi muốn cậu cho tôi thấy cậu có thể làm được việc này. Trong hai năm qua cậu đã thi đấu tốt, nhưng bất cứ khi nào cảm thấy hơi không khỏe, cậu đều không đá. Khi mùa xuân đến, chúng ta phải gặp nhiều đối thủ thật sự mạnh và cậu phải đá dù vẫn đang dính chấn thương. Tôi cần chắc chắn rằng tôi có thể dựa vào cậu. Tôi muốn biết rằng cậu có thể nhịn đau để đá một số trận nếu mọi thứ ổn”.
Guardiola không cần nghỉ ngơi và các cầu thủ không có cơ hội nghỉ ngơi. Đội trợ lý của ông chủ động tổ chức các buổi tập bóng đá để Guardiola có thời gian phân tích video, nhưng ông vẫn tự mình tham gia và đánh giá các buổi tập. Guardiola chỉ vắng ba buổi tập trong suốt ba năm ở Bayern, và đó đều là những buổi tập hồi phục sau các trận đấu.
Cứ hai ngày sau một trận đấu, khi toàn đội đã tập trung trở lại, đã lại có những video phân tích mới. Thắng thua hay hòa, ông và các trợ lý sẽ sưu tập các clip về màn thể hiện của đội bóng, các điểm tốt và chưa tốt sau các trận. Đặc biệt sau các trận không thắng, đội ngũ của Guardiola tập trung vào những điểm mà họ có thể cải thiện. Vẫn có những sự cố cầu thủ “quên” làm theo chỉ dẫn của Guardiola, đột ngột giảm nhịp độ hoặc tự mãn, đá không theo kế hoạch.
