Bước lên nắm quyền đội 1 vào đầu mùa giải 2008/09, Pep mạnh tay tái thiết một Barcelona có dấu hiệu rệu rã với hàng loạt sự thay đổi về nhân sự. Những Ronaldinho, Deco, Samuel Eto’o trở nênthừa thải trong kế hoạch của Pep; Zambrotta bị bán sang AC Milan, Giovani dos Santos phải chuyển đến Tottenham, Lilian Thuram bị đẩy sang Paris Saint-Germain. Đồng thời, Pep đem về Camp Nou Dani Alves và Seydou Keita từ Sevilla, gọi Gerrard Pique trở về từ Manchester United, trọng dụng cầu thủ trường thành từ lò La Masia như Sergio Busquest, Pedro hay Jeffren. Pep nhanh chóng đưa Barcelona trở thành đội bóng có lối chơi quyết rũ bậc nhất hành tinh với chiến thuật tiki-taqua huyền thoại, mở ra thời kỳ đại thành công cho đội bóng.
Năm 2009 là ký ức ngọt ngào của Pep Guardiola với cú treble đầu tiên trong lịch sử giải đấu khi Barcelona thâu tóm La Liga, Cúp Nhà vua và Champion League, buộc đại kình địch Real Madrid phải khẩn trương tiến tới xây dựng Galacticos 2.0 mà viên gạch đầu tiên là Cristiano Ronaldo. Về phương diện cá nhân, Pep trở thành huấn luyện viên trẻ tuổi nhất giành chức vô địch Champion League cùng với một đội bóng. Tính riêng trong năm 2009, Pep đã ghi kỷ lục bằng 6 chiếc cúp vô địch: La Liga, Cúp Nhà vua, Champion League, Siêu cúp Tây Ban Nha, Siêu cúp Châu Âu và Cúp Thế giới Các câu lạc bộ, trở thành huấn luyện viên đầu tiên trong lịch sử bóng đá làm được điều này.
Mùa giải 2009/10 tiếp tục diễn ra với sự xáo trộn về mặt nhân sự, Samuel Eto’o chính thức chuyển đến Inter và Zlatan Ibrahimovic đi theo chiều ngược lại. Ngày 25/9/2010, Pep Guardiola có chiến thắng thứ 50 trong sự nghiệp dẫn dắt Barcelona; tính đến tháng 1 năm 2010, Pep đã cán mốc 100 trân dẫn dắt Barcelona với 71 chiến thắng, 19 hòa, 10 thua. Ngày 10/4/2010, Pep tiếp tục đào sâu vào các kỷ lục khi ông trở thành huấn luyện viên đầu tiên đánh bại Real Madrid 4 lần tại các kỳ El Classico. Dù Barcelona đã vào đến bán kết Champion League năm đó nhưng họ đã bị nhà vô địch Inter của Jose Mourinho đánh bại với tỉ số 3-2. Bù lại, Pep và Barcelona thống trị La Liga với kỷ lục 99 điểm – con số cao nhất tại thời điểm đó trên mặt trận các giải vô địch châu Âu.
